Vor dem Bau des Main-Donau-Kanals zwischen Nürnberg und Kelheim bestand die Irrle Wiesen aus einem schützenswerten Komplex von Feucht- und Nasswiesen zwischen dem Wolfsberg und dem Ludwig-Donau-Main Kanal (ehemalige Altmühl). Teilbereiche wurden von Landwirten zur Futtergewinnung abgemäht, während Röhrichte und Großseggenriede ganz der Natur überlassen waren.
Seltene Pflanzen- und Tierarten, die fast immer feuchte "Füße" brauchen und auch zeitweise Überschwemmungen gut vertragen z. B. die Sumpfschertlilie, das Breitblättrige Knabenkraut oder die Bekassine und das Braunkehlchen, fanden hier einen Lebensraum.
Der Bodenaufbau und der Grundwasserstand sorgten dafür, daß die Irrle Wiesen fast ganzjährig feucht waren: Auf einer mächtigen, wasserdurchlässigen Schicht aus Kiesen und Sandarten lagerte torfig-schluffiges Material. Über kapillaren Aufstieg des Grundwassers durch die Torfauflage wurden die Wiesen ständig mit Wasser versorgt.
Das funktionierte, so lange der Grundwasserstand in die torfige Bodenschicht hineinreichte und nur ca. 20-40 cm unter der Oberfläche lag. Dabei korrespondierte der Grundwasserstand unter den Irrle Wiesen eng mit dem Wasserstand des Ludwig-Donau-Main-Kanals, da wasserdurchlässige Bodenschichten (Sedimente aus Kiesen und Sanden) einen Austausch zwischen dem Flußwasser und dem Grundwasser zuließen.
Der Main-Donau-Kanal verläuft von Dietfurt bis Kelheim im Talraum der Altmühl bzw. des Ludwig-Donau-Main-Kanals. Durch den Bau des neuen Kanals wurde der Grundwasserspiegel im Bereich der Irrle Wiesen um 3-4 m im Vergleich zur Altmühl abgesenkt. Das Bett des neuen Kanals ist tief in den ursprünglichen Talraum der Altmühl eingeschnitten.
Damit sank auch der Grundwasserspiegel unter den Irrle Wiesen um ca. 3-4 m: Aufgrund der wasserdurchlässigen Bodenschichten zwischen Kanal und Umgebung pendelte sich der Grundwasserspiegel mit dem Wasserstand des neuen Kanals ein.
Der Grundwasserspiegel liegt jetzt in der unteren Bodenschicht aus Kiesen und Sanden, ein kapillarer Aufstieg des Wassers durch diese grobporigen Materialien ist nicht mehr möglich. Die wasserbedürftigen Pflanzen konnten nicht mehr aus dem tiefstehenden Grundwasser versorgt werden und auch die zeitweisen Überschwemmungen der Wiesen durch Hochwasser fielen weg. Mit dem Trockenfallen der Wiesen verschwanden auch die seltenen Niedermoorarten.
Eine weitere Folge des Trockenfallens ist der natürliche Abbau der Torfschicht durch Bodenlebewesen. Damit sind stellenweise Sackungen im Gelände verbunden. Die Mahd mit Traktoren wird erschwert, wenn nicht sogar unmöglich gemacht. Langfristig sollen die trockengefallenen Wiesen in ein Beweidungskonzept durch Schafe eingebunden werden.