Der Hauptraum ist gekennzeichnet durch eine harmonische Gliederung seiner Wände in vier große und vier kleine Nischen, durch seinen goldglänzenden Stuck und seine farbenfrohen Fresken an der Decke und Wänden.
Die erste der großen Nischen befindet sich rückwärts und verbindet Vorhalle mit dem Hauptraum. Ihre obere Hälfte ist ausgefüllt durch die Orgel, die in ihren feingeschweiften Linien sehr wirkungsvoll die westliche Innenwand schmückt. Die untere Hälfte ist durch zwei Säulen noch einmal unterteilt. Die zweite große Nische an der Südseite ist durch ein Fresko ausgefüllt. Es zeigt die Ankunft von Benediktinern in Amerika mit dem Schiff "Santa Maria" des Christoph Columbus 1493. Das Felsgestein will auf die Landschaftverbundenheit der Kirche hinweisen. Die dritte Nische ist die große Toröffnung zum Presbyterium. Die vierte ist wieder eine Flachnische, in die sehr geschickt die Kanzel aus Weltenburger Marmor hineinkomponiert wurde. Die beiden Gemäldehälften nehmen Bezug auf den das Evangelium predigenden St. Benedikt über dem Schalldeckel und halten das Echo seiner Worte fest: die linke Seite die Zustimmung, erläutert an der Hand von Persönlichkeiten aus der Geschichte, der rechte Hälfte die Ablehnungen in Allegorien.
Die vier kleinen Nischen sind durch Altäre ausgefüllt die von Egid Quirin Asam stammen. In ihrem Aufbau sind sie alle gleich. Der Altartisch ist vorne mit Ornamenten reich geziert und vergoldet. Der Stuckmarmor setzt sich fort in den gewundenen Säulen, die in ovales Relief und ein rechteckig umrahmtes Bild flankieren und in einen Baldachin aus feinstem Stuck einmünden. Der vordere Altar auf der Südseite hat im Relief St. Josef und auf dem Bild die Hl. Dreifaltigkeit mit der Krönung Mariens; der vordere Altar der Nordseite Schutzengel und ein ergreifendes Kreuzigungsbild; der rückwärtige Altar der Südseite: im Relief Johann Nepomuk, im Bild Maurus, den Plazidus rettend; der rückwärtige Altar der Nordseite: St. Scholastika, im Bild eine Vision St. Benedikts. Die drei letzteren Stammen con C. D. Asam.
Auf den Hauptbögen der großen Nischen sitzen die bewegten Figuren der vier Evangelisten Johannes, Matthäus, Markus und Lukas mit ihren Attributen Adler, Engel, Löwe, Stier. Die große Hohlkehle der Kuppel ist durch 8 verzierte Gurte in vier schmale und vier breite Felder eingeteilt. In den schmalen über den 4 Altären schweben auf edlem Brokathintergrund die Erzengel Michael, Gabriel, Raphael und Uriel. Die breiten schmücken vier reich umrahmte, vergoldete Szenenbilder. Über dem Ev. Johannes der Tod St. Benedikts, über dem Ev. Matthäus die Begegnung des Gotenfürsten Totila mit St. Benedikt, über dem Ev. Markus der Tod seiner Schwester Scholastika, über dem Ev. Lukas der Bau des Klosters Monte Cassino. Der Rahmen des Kuppelausschnittes ist mit Ornamentik, Wolkengebilden und Engelgruppen belebt, die den Sternenreifen tragen. Zwischen diesem und der Brüstung schaut an der Südseite der Architekt und Maler herab: C. D. Asam in Künstlerkleidung seiner Zeit.
Das Deckenfresko des Hauptraumes stellt in gemalter Architektur mit Säulen, Gesims und Täfelung die verklärte Kirche dar. In der Kuppel der Hl. Geist als die Herzmitte der Kirche, vorne Gottvater und Gottsohn, wie sie Maria krönen. Darunter schließt sich die Aufnahme des Kirchenpatrons St. Georg an. Rechts davon die "Triumphierende Kirche", Benedikt und Scholastika; dann an der Spitze des Konventes Abt Maurus Bächl mit Rauchmantel, daneben der Stukkator der Kirche E.Q. Asam als Genius gezeichnet, anschließend der hl. Martin und die beiden Regensburger Bischöfe Wolfgang und Emmeram und die hl. Frauen und Jungfrauen Helena, Ursula, Barbara, Katharina, an der Orgel Cäcilia, neben ihr König David und Vertreter des Alten Bundes; über der Kanzel die 12 Apostel und der Bayernapostel St. Rupert.
Zusammenfassend kann gesagt werden, daß für Cosmas Damian Asam auch für diesen Raum eine tiefe theologische Konzeption bestimmend war. Er wollte den Kontrast herausgestellt wissen zwischen Licht und Dunkel als den Symbolen für menschliches Suchen, Tasten und Fragen nach dem Sinn und Wesen seiner selbst und der liebenden Antwort Gottes in seiner Offenbarung. Die Wucht der Materie, wie sie sich in den Säulen und Lisenen der unteren Partien zeigt und die nach oben hin mehr und mehr abnimmt und schließlich gänzlich sich auflöst, dies darf wohl sinnbildhaft als Andeutung der Verklärung alles geschaffenen Seins gewertet werden. Der ganze Raum - eine nicht zu überhörende Aufforderung: "Empor die Herzen!" Den Mittelpunkt des Presbyteriums bildet der Hauptaltar, ein ausgesprochener Bühnenaltar. Die Kulissen bilden je ein Paar gewundener Säulen, die für die in Rom geschulten Asam typisch sind. Belebt werden die Kulissen durch St. Martin links und St. Maurus mit den Zügen des Bauherrn rechts. Über dem Halbrundbogen eine reichgezierte Kartusche mit dem kurfürtlichen bayerischen Wappen; zwischen den Giebelstücken Aufnahme Mariens in den Himmel. Der drehbare Tabernakelaufsatz weist dreimal drei Nischen auf, ist aus Holz und vergoldet. Die Hauptgruppe in der Mitte stellt den Kirchenpatron St. Georg dar, im Begriff, den Drachen zu töten und die von ihm bedrohte Königstochter zu befreien: ein Meisterwerk von Egid Quirin Asam. Hinter St. Georg in Freskoausführung an der Rückwand die Immakulata. Der Belichtungseffekt für die ganze Komposition wird durch drei Fenster erreicht, die hinter den Kulissen und dem Giebel eingebaut sind. Die Seitenwände des Presbyteriums erfahren durch Oratorien eine lebhafte Gliederung. Versilberte Engel raffen über diesen mächtigen Stuckdraperien. Das Deckenbild im Tonnengewölbe schildert die Stiftung des Klosters durch Tassilo III. und die Übernahme desselben durch St. Benedikt.
St. Georg ist ein Märtyrer aus dem römischen Heer. Er ist eine historische Persönlichkeit, wenn auch das Dunkel, das über seinen näheren Lebensumständen liegt, nicht völlig erhellt werden kann. Der Darstellung auf dem Altar liegt eine Legende zugrunde, die erst im 12./13. Jahrhundert in Literatur und Kunst erscheint. Sie knüpft an das uralte Motiv des Kampfes zwischen Gutem und Bösem an, das im Kampf mit dem Drachen in zahlreichen Heiligenleben seinen Ausdruck fand.